Товарищи! Даже если вы уже обновили несколько серверов с wheezy до jessie и не встретили в процессе никаких серьёзных проблем - никогда не начинайте обновлять очередной сервер поздно вечером, иначе закончиться это дело может где-то следующим утром %). А всё потому что в wheezy был apache 2.2 а в jessie - apache 2.4. Хотя нет, всё скорее потому что у мейнтейнеров апачевского пакета в дебиане в какой-то момент возник невыносимый творческий зуд, и они решили перелопатить структуру файлов конфигурации в /etc/apache2.

То, что в sites-available надо всем файлам добавлять расширение .conf - это так, цветочки. То, что поменялась запись правил доступа (всякие Deny from all сменились на Require all denied) - тоже так, ерунда, это всё в документации расписано. А вот почему вроде бы всё настроено правильно, а браузер выдаёт "403 Forbidden You don't have permission to access /index.php on this server" - обладатели fcgid+php-cgi могут искать до утра и не найти %).

Искать, как оказалось, надо совсем не там где можно было бы подумать. Раньше директивы навроде вот таких можно было положить вне любой секции конфига:

AddHandler fcgid-script .php
FcgidWrapper /usr/lib/cgi-bin/php5 .php
Options +ExecCGI

Это, вероятно, несло некоторую угрозу безопасности за счёт того что несколько сайтов с разных виртуальных хостов обрабатывались возможно в одном и том же процессе, но в то же самое время оно давало ощутимую экономию памяти. Так вот - теперь эти директивы, похоже, не работают вне секций типа directory или location. Так что либо нужно размещать их отдельно для каждого виртуального хоста, либо засунуть в секцию <Directory /var/www/>, которая добавилась прямо в /etc/apache2/apache2.conf

З.Ы. интересно, когда уже dpkg научат делать merge конфигов :(. Искать старые версии пакетов и выдирать из них оригиналы старых версий конфигов не то чтобы долго и утомительно, но ведь в большинстве случаев слияние происходит вообще без разрешения конфликтов т.е. могло бы вообще не требовать вмешательства человека, но нет, приходится тратить минут по 5 на каждый файл :(.